24 сентября 1954 года открыта средняя школа №16.
В 1959 году в связи с объединением железных дорог в единую Северную железную дорогу школу переименовали в №88 Северной железной дороги, с 1978 года – средняя школа №88.
С 1 августа 1997 года школа именуется "Средняя общеобразовательная школа №2" г. Микунь Усть-Вымского района РК.
18 июля 2011 года переименовано в Муниципальное общеобразовательное учреждение "Средняя общеобразовательная школа №2" г.Микунь (Постановление МР "Усть-Вымский" от 18.07.2011г. №529.